O Aquidauanense vai disputar a Série D do Campeonato Brasileiro em 2020 como o segundo representante de Mato Grosso do Sul. Como vice-campeão estadual em 2019, o Azulão, graças às mudanças feitas pela Confederação Brasileira de Futebol (CBF) na competição, terá que passar por um confronto preliminar para chegar à fase de grupos, onde já está o Águia Negra, campeão estadual.

Com a conclusão da temporada 2019 e a atualização no Ranking Nacional de Clubes (RNC) e Ranking de Federações, foram definidas quais federações vão precisar passar por essa etapa. Na lista estão os times, na ordem, do Amazonas, Distrito Federal, Mato Grosso do Sul, Espírito Santo, Tocantins, Rondônia, Amapá e a última colocada Roraima. A situação se repetira em 2021. A partir de 2022, a competição terá apenas os 64 participantes da fase de grupos e as quatro últimas federações terão apenas um representante.

O Aquidauanense poderá enfrentar em jogos de ida e volta um dos times desses estados. Ypiranga-AP, Nacional-AM, Brasiliense-DF, Real Noroeste-ES, Ji-Paraná-RO, Atlético-RR, Tocantinópolis-TO. A definição dos confrontos não foi divulgada pela CBF, mas o mais provável que seja de acordo com a ordem da respectiva Federação no Ranking. Sendo assim, teríamos AM x RR, DF x AP, MS x RO e ES x TO. Neste caso, o Aquidauanense enfrentaria o Ji-Paraná.